生物与分子智造研究院建设初心是通过对自然生命和天然分子的认知，利用合成生物学和分子智造, 创造人工合成体系，来重构人工生命和功能分子，实现建物致知-认识自我、建物致用-服务自身这两大目的，从而推动多个领域的颠覆性技术创新。

研究院下设合成生物所、分子智造所、AI交叉中心和平台装置、综合保障等机构，聚焦人工生命与功能分子创制与应用中的工程问题，重点建设两个自动化科学装置（基于合成生物学的iBioFoundry和基于分子智造的iChemFoundry），并依托自动化科学装置的建设，深度融合生物技术与信息技术（BT-IT）以及人工智能与化学（CT-IT），支撑合成生物学和新物质精准智造两大战略性领域研究，推动生物和物质制造产业发展。