合成生物学自动化科学装置（iBioFoundry）是生物与分子智造研究院的重点建设内容之一。科学装置在中央软件控制下通过轨道式机械臂整合包括自动化移液操作、生物样品存储、细胞培养和生化测试等的各种实验设备，实现合成生物学研究中从样本智能存取、DNA元件组装、细胞筛选及培养到产物检测的全流程自动化操作，达到高通量实验的标准化和高效率目标。

iBioFoundry按样本库、细胞筛选及培养、DNA元件组装和分析检测四大功能模块集成设计，可实现目的基因片段的扩增和纯化、质粒抽提、酶切、连接、转化、目的片段质检、细胞涂板、克隆挑选、克隆鉴定、菌种培养、诱导表达、细胞分析、蛋白纯化、代谢分析等实验流程的自动化操作。可广泛应用于基因回路的设计构建、人工基因设计合成、细胞工厂设计构建、多细胞体系构建与应用、酶分子定向进化、无细胞蛋白合成、化合物合成与筛选、生物材料创制等多个研究方向。

iBioFoundry具备先进的多任务实验进程管理功能，可追踪记录整个流程的处理过程，实现所有的样本追踪溯源，具备以下优势和特点：1）自动化无人值守工作；2）多个不同实验任务同时运行；3）运行过程中可随时修改或添加新实验任务；4）运行过程中插入优先处理的紧急样本；5）运行过程中动态补充耗材；6）根据实验结果完成智能化逻辑判断；7）具有完备的设备故障恢复策略；8）实现远程和批量接收任务指令等。

iBioFoundry是目前全球合成生物学研究领域规模最大、集成度最高的一套全流程、高通量、自动化合成生物学科学装置。使用该装置可以将人工细胞构建效率提高两个数量级以上，通过进一步深度融合生命科学和信息科学，特别是BT-IT技术，可达到快速创造数据、智能分析数据以及数据驱动再创造的目标，实现人工合成体系的精准设计、标准合成与精确调控，推动合成生物学在生物制造、医疗健康、农业食品、环境安全等领域的大规模应用。